Trường THPT Hoàng Long được thành lập ngày 26/01/2001 theo quyết định số 3478/QĐ-UB của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội. Ngày 22/7/2016, Sở GD&DT Hà Nội quyết định cho phép Trường THPT Hoàng Long đặt trụ sở tại 347 Đội Cấn – Ba Đình – Hà Nội với định hướng là trường tiên phong về đổi mới phương pháp giáo dục. Trường đang hoàn tất đề án đổi tên trường thành trường THPT Chuyên Hà Nội-Tokyo.
Hiện nay, trường THPT Hoàng Long là trường tiên phong về đổi mới và phát triển nền giáo dục nước nhà bằng việc kết hợp hài hòa giữa nền giáo dục truyền thống Việt Nam và nền giáo dục hiện đại Nhật Bản, Hàn Quốc, Mỹ…
     Trường THPT Hoàng Long đào tạo song ngữ Nhật – Anh, Hàn – Anh giáo viên bản ngữ dạy tiếng Nhật, tiếng Hàn tiếng Anh giúp học sinh nắm chuẩn nghe- nói- đọc- viết ngay từ đầu. Mục tiêu của trường là giúp học sinh có thể giao tiếp bằng tiếng Nhật và tiếng Anh hoặc tiếng Hàn một cách thoải mái với người nước ngoài sau 3 năm theo học tại đây.
     Học sinh theo học tại Trường THPT Hoàng Long luôn cảm thấy thoải mái và hào hứng bởi trường không đặt nặng thành tích, chú trọng vào thực học. Ngoài chương trình chuẩn của Bộ Giáo dục và Đào tạo được dạy vào buổi sáng, trường còn tăng cường dạy thêm các môn ngoại ngữ như tiếng Nhật, tiếng Anh, các môn ngoại khóa như kĩ năng sống, nghệ thuật, thể thao… vào buổi chiều.